Ý tưởng của sản phẩm được xuất phát bởi Usamah Zaid Yasin, đạo diễn và biên kịch của series này, sau khi WAU Animation được thành lập vào năm 2013. Để sáng tạo nên cốt truyện đó, ngài Usamah và các cộng sử của mình đã theo dõi rất nhiều những bộ phim, series hoạt hình và đọc các tiểu thuyết về gián điệp và trí thông minh. Việc tạo nên series Điệp viên Ali đã mất hai năm trước khi những sản phẩm đầu tiên của series này được làm ra vào tháng 7 năm 2015. Về tên nhân vật, Usamah đã lý giải rằng Ali là một cái tên dễ nhớ và được tìm thấy khá phổ biến trong các sách tham khảo cho học sinh Malaysia. Họ ban đầu cảm thấy hơi bối rối trong việc chọn tên nhân vật đơn giản và dễ nhớ. Và cuối cùng, cái tên “Ali” đã được lựa chọn.[2]

Ban đầu, WAU Animation dự định làm dự án Điệp viên Ali với hình thức là phim hoạt hình điện ảnh, thế nhưng do một chút khó khăn về tài chính và sau khi thảo luận với nhiều bên cũng như một số ý kiến góp ý, họ cảm thấy rằng sẽ là một tổn thất lớn nếu họ chỉ sản xuất mỗi một phim hoạt hình điện ảnh khi mà ý tưởng cho Điệp viên Ali thì rất rộng. Họ quyết định lên kế hoạch kéo dài series này lên đến 5 mùa rồi mới sản xuất phiên bản điện ảnh của series trên.[3]